• 1955 (juin-novembre) : Racine et Port-Royal.
• 1956 (mai-octobre) : Pascal et les Provinciales.
• 1957 (juin-octobre) : Philippe de Champaigne et Port-Royal.
• 1962 (14 juin - 30 octobre) : Exposition inaugurale pour l'ouverture du musée. Rétrospective autour de Port-Royal.
• 1980 (7 mai-26 octobre) : Port-Royal (à l'occasion de l'année du Patrimoine).
• 1984 (3 mai-29 juillet) : Les belles amies de Port-Royal.
• 1987 (13 mai-13 juillet) : Histoire de la Ferme des Granges de Port-Royal.
• 1991 (7 septembre-4 novembre) : Mère Angélique.
• 1992 (15 mars-15 juin) : Les Bérénices.
• 1995 (28 avril-28 août) : Philippe de Champaigne et Port-Royal.
• 1999 (9 avril-31 août) : Le choix de l'absolu ; Racine, Phèdre.
• 2005 (11 juin-31 octobre) : « Face à faces ».  Visage du Christ dans l’art français au XVIIe siècle.
• 2007-2008 (10 septembre – 30 juin) :
  Pierres tombales de l’abbaye de Port-Royal.
•  2008 (10 avril-7 juillet) :
  Mère Geneviève Gallois, Vision du cloître au XXe siècle.
• 2009 (25 mars - 29 juin) :
  Trois maîtres du dessin : Philippe de Champaigne,
  Jean-Baptiste de Champaigne, Nicolas de Plattemontage.
• 2010 (15 septembre - 13 décembre) :
  Représenter la prédication aux XVIIe et XVIIIe siècles.
• 2011-2012 (16 septembre 2011 - 15 août 2012) :
  Port-Royal ou l'abbaye de papier ; Madeleine Horthemels (1686-1767).
• 2013 (10 Avril -14 juillet) :
  Jean Restout et les Miracles de Saint-Médard.
• 2014 (16 mai - 8 septembre) :
  Saint Jérôme, atelier de Guido Reni.
• 2016 (7 avril - 25 Juillet) :
  Rosa Bonheur et sa famille, 3 générations d'artistes.
• 2018 (18 mars - 15 juillet) :
• Traits divins : dessins religieux du XVIIe siècle du musée des beaux-arts d'Orléans.
• 2018 (20 septembre - 20 décembre) : 
• Sébastien Bourdon, peintre protestant.
  
• 2019 (23 mars - 23 juin) : 
• Bernard Picart (1673-1723, dessinateur
  de Paris à Amsterdam.
• • Expositions et installations en art contemporain 

• 2002 (23 mai-14 octobre) : Imaginaires de Port-Royal.   Parcours pictural de Véronique Bigo

• 2003 ( -31 juillet) : Jean-Pierre Brazs, Danse avec les arbres.

• 2006 (septembre – novembre) : Port-Royal. Les portes du ciel.   Parcours photographique par Sabine Delcourt

• 2007 (1^er mars – 10 juin) : La métamorphose des clefs.   Dominique Fajeau, sculpteur

• 2008 (5 juillet –30 septembre) : Benjamin – Goya : vertiges partagés.

• 2009 (18 septembre - 21 décembre) :

Les Orans, sculptures de Vincent Gazier.

A fleur de pierre, créations d'Annie Vacher-Cohen.

Reflets d'âme ; portrait d'une ville nouvelles,  photographies de Stéphane Traversini.

• 2010 (21 mai - 31 août) :

Vérité des images.

• 2011 (31 mars - 22 août) :

Frédéric Benrath et Port-Royal. Ses dernières oeuvres. 

• 2012 (20 septembre - 21 décembre) :

               Béatrice Casadesus. Infinis

• 2014-2015 (12 septembre - 6 avril 2015) :  Bernard Dorival (1914 - 2003), De Champaigne à Zao Wou-Ki
  

• 2015 (6 mai - 22 septembre) :

               Anne Slacik. Solitaires